Después de tres años de la llegada del coronavirus SARS-CoV-2 causante de la enfermedad covid-19 a Panamá, la vigilancia genómica se mantiene, ya que es una de las principales estrategias junto con una alta cobertura de vacunación que se debe tener los países para que la Organización Mundial de la Salud (OMS) declare el fin de la pandemia.
En Panamá, la vigilancia genómica ha sido liderada por un equipo del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud (Icges), quien durante estos años tres años han secuenciado 8 mil 587 genomas del SARS-CoV-2, de los cuales mil 199 como apoyo a otros países de la región como son Belice, República Dominicana, El Salvador, Guatemala, Haití, Honduras, entre otros.
Así lo detalló el jefe del Departamento de Investigación Genómica y Proteómica del Icges, Alexander Martínez, en una entrevista con La Prensa, donde abordó varios aspectos de la vigilancia genómica y la pandemia de la enfermedad covid-19.
¿Cómo describe la situación actual de la pandemia?
Hay circulación del virus, sin embargo, los porcentajes de positividad y la tasa de crecimiento de casos está limitada, el virus no tiene un campo tan fértil para transmitirse como hace tres años, en otras palabras, un alto porcentaje de la población está vacunada lo que hace que el virus se autolimite y a que las nuevas variantes no se transmitan con la facilidad que observamos durante el primer año.
¿Qué variantes y subvariantes están en este momento circulando en el país?
Durante estos tres primeros meses del año se han detectado la circulación de nueve subvariantes de Ómicron, de estas las variantes BA.2.10.1, BQ.1.1, XBB.1 con mayor proporción en enero y febrero. Mientras que ahora en marzo la variante XBB.1.5 ha aumentado su circulación. En las últimas tres semanas, las dos variantes predominantes son la BA.2.10.1 y la XBB.1.5.
¿A qué atribuye de que de la variante de Ómicron hayan surgido varias subvariantes?
En la actualidad a nivel mundial se han detectado un poco más de 20 subvariantes de Omicron. Pero antes de ver el número hay que repasar un poco qué son las variantes de SARS-CoV-2. Una variante nueva aparece cuando el virus ha acumulado un número alto de mutaciones en un periodo corto de tiempo (salto genético) eso sucedió con Alfa, Beta y luego con la variante Delta, y con las otras que precedieron a Ómicron. Con Ómicron los cambios no han sido abruptos pero ocurren y seguirán ocurriendo, por eso se han observado estas subvariantes, una hipótesis trata de explicar que esta variante desarrolló el salto genético en un momento en donde en el mundo tenemos una mayor inmunidad colectiva, lo que evita que el virus encuentre muchas personas susceptibles a su infección, y aquellas que se reinfectan sufren de síntomas más autolimitados y se requiere con menos frecuencia una hospitalización. Estos factores disminuyen la ocurrencia de muchas mutaciones o su fijación en la población.
¿Ha disminuido la secuenciación en estos meses? ¿Por qué?
Sí, la cantidad de muestras secuenciadas disminuyó, así como cuando bajan los casos a nivel nacional, esto debido a que se observa que muchas veces se detecta la infección cuando han pasado varios días (usualmente más de cinco días) desde el inicio de síntomas, para esos momentos la cantidad de virus en la muestra baja considerablemente y no es fácil secuenciar su genoma en esas condiciones. En diciembre se secuenciaron 131 muestras, entre enero a marzo con la disminución de casos se han secuenciado 40 muestras, lo que es un número bajo, pero indica que la transmisión es baja y nos da luces de que se encuentra circulando en el país.
¿Cuántas personas están destinadas a la vigilancia genómica en el Icges?
El personal del Instituto Gorgas involucrado activamente en la vigilancia genómica somos más de 15 profesionales. En el departamento de genómica hay 25 profesionales de distintas carreras, de estos 21 trabajan en tareas relacionadas con pruebas de seguimiento a sujetos viviendo con VIH (carga viral de VIH, diagnóstico en niños de madres VIH positivas, cuantificación de células CD4 y genotipaje). Sin embargo, a nivel central para la vigilancia de SARS-CoV-2 trabajamos de manera estrecha con el Departamento de Investigación en Virología y Biotecnología, liderado por Sandra López- Vergés. Además, el Gorgas con apoyo de colaboraciones internacionales como de Japón, hemos logrado descentralizar el proceso de secuenciación, incluyendo unidades en Metetí – Darién, Divisa – Santiago y David – Chiriquí.
¿Qué estrategias llevan adelante para reforzar la vigilancia genómica del SARS-CoV-2?
Nos hemos enfocado en descentralizar y especializar más personal del Instituto Gorgas y otros laboratorios de la región en como realizar secuenciación de segunda generación. De la misma forma, nuestro personal de planta se ha especializado en análisis complejos de secuencias, en laboratorios especializados como el Centro de Respuesta e Innovación Epidémica (CERI, por sus siglas en inglés) de Tulio de Oliveira en la Universidad de Stellenbosch, en Sudáfrica. También con la financiación de la Organización Panamericana de la Salud, en agosto del 2022 se realizó un importante evento científico internacional en donde más de 60 profesores vinieron al país a entrenar a profesionales de salud pública en métodos avanzados de análisis virológicoy bioinformático.
¿Por qué es importante la vigilancia genómica del SARS-CoV-2?
Es clave para que la población sea afectada en menor medida por este virus. Específicamente en Panamá muchas medidas de control fueron cambiando a medida que se detectaron cambios en el tipo de virus circulante en distintas regiones del país. También se logró aplicar medicina personalizada en sujetos en donde un tratamiento monoclonal podía ser aplicado de manera apropiada en caso de estar infectado con variantes a las cuales el tratamiento era efectivo. Esto solo para brindar dos usos muy importantes de este tipo de vigilancia genómica del SARS-CoV-2. Es decir , la vigilancia genómica permitió realizar algo que solo era teoría hace solo tres años, detectar cambios en un virus de transmisión rápida y tomar medidas de control epidemiológico basadas en esos cambios.
En el Icges realizan la vigilancia activa de otros virus como de inmunodeficiencia humana, MonkeyPox, influenza, sincitial respiratorio También trabajan con el equipo de microbiología para avanzar en Acinetobacter baumannii y Neisseria gonorrhoeae, la primera una bacteria importante en muertes relacionadas con enfermedades nosocomiales y la segunda en infecciones de transmisión sexual en Panamá.
